Bệnh viện quận Tân Phú được thành lập trên cơ sở sắp xếp lại Trung tâm Y tế quận Tân Phú. Bệnh viện quận Tân Phú chịu sự quản lý, chỉ đạo trực tiếp của Ủy ban nhân dân quận Tân Phú và hướng dẫn chuyên môn, kỹ thuật của Sở Y tế.
Trụ sở chính ban đầu đặt tại 34 đường Trần Văn Giáp, phường Hiệp Tân, quận Tân Phú, thành phố Hồ Chí Minh. Đến tháng 09 năm 2012 Bệnh viện quận Tân Phú chuyển địa điểm hoạt động về số 609-611 đường Âu Cơ, phường Phú Trung, quận Tân Phú, thành phố Hồ Chí Minh với diện tích đất sử dụng 8.698,94 m2.
Nhiều năm qua, Bệnh viện quận Tân Phú nổi bật lên là đơn vị Lá cờ đầu ngành Y tế thành phố mang tên Bác. Để giữ vững và phát huy vị thế đó, năm 2015, tập thể cán bộ, y bác sĩ Bệnh viện tiếp tục sáng tạo, vượt khó, hoàn thành vượt mức các chỉ tiêu thi đua và nhiệm vụ được giao. Bên cạnh tích cực tham gia các phong trào thi đua của ngành và địa phương, Ban Giám đốc Bệnh viện đã đề ra phong trào thi đua gắn với hoạt động của đơn vị một cách thiết thực, hiệu quả.
Thực hiện xã hội hóa trong việc mua sắm, Bệnh viện đã lắp đặt các trang thiết bị y tế phục vụ chẩn đoán và điều trị như: Hệ thống mổ Phaco, máy siêu âm. Cùng với trang thiết bị hiện đại, các kỹ thuật lâm sáng và cận lâm sàng được phát triển thường xuyên. Đến nay, đội ngũ y bác sĩ Bệnh viện có khả năng thực hiện 70% các kỹ thuật theo phân tuyến và mở rộng sang các kỹ thuật y tế chuyên sâu.
Bên cạnh việc nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh; đổi mới phong cách, thái độ ứng xử của nhân viên y tế, thời gian qua, Bệnh viện Quận Tân Phú đã và đang đổi mới toàn diện theo hướng “xanh – sạch – đẹp”.
Bệnh viện đã giao phòng Tổ chức hành chính làm thường trực chịu trách nhiệm tham mưu, xây dựng kế hoạch và tổ chức thực hiện cơ sở y tế “xanh – sạch – đẹp” tới các khoa, phòng nhằm phát huy ý thức, trách nhiệm của từng cá nhân trong việc triển khai, thực hiện nghiêm túc và hiệu quả. Tại mỗi phòng bệnh và khuôn viên của bệnh được được thực hiện vệ sinh 2 lần/ngày, khu vệ sinh 4 lần/ngày, và tổng vệ sinh vào thứ 5 hàng tuần.
Bệnh viện xây dựng quy trình kỹ thuật hướng dẫn vệ sinh tay, vệ sinh môi trường cơ sở y tế và được dán tại nhà vệ sinh, bồn rửa tay để hướng dẫn cán bộ y tế, bệnh nhân và người nhà bệnh nhân thực hiện.
Đặc biệt, trang phục của cán bộ y tế, người bệnh được cung cấp đầy đủ và đảm bảo sạch sẽ, đúng quy định. Quần áo bệnh nhân thay đổi theo lịch, bệnh viện trang bị máy giặt, máy sấy, bàn là quần áo và có nhà giặt riêng nên quần áo luôn khô ráo, phẳng, sạch sẽ.
Với các quan điểm: xây dựng cơ sở y tế Xanh – Sạch – Đẹp là tạo ra môi trường tự nhiên, trong lành; phải có được sự hài hoà giữa môi trường xã hội và môi trường tự nhiên thì cơ sở y tế mới phát triển – Bệnh viện Quận Tân Phú đã thành công trong việc thay đổi cái nhìn của cộng đồng xã hội vào chính mình. Giờ đây, câu nói “Đẹp như công viên – Sạch như bệnh viện” không chỉ còn là khẩu hiệu.
Với những đóng góp tích cực cho sự nghiệp chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân, Bệnh viện quận Tân Phú nhiều năm liền đạt danh hiệu Tập thể lao động xuất sắc và đã vinh dự được Chủ tịch nước tặng Huân chương Lao động hạng Ba năm 2013; Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen năm 2011; UBND thành phố Hồ Chí Minh tặng Cờ thi đua năm 2012 và 03 Bằng khen các năm 2008, 2010, 2012. Năm 2015, Bệnh viện quận Tân Phú được Khối thi đua bình chọn là đơn vị dẫn đầu và được UBNDThành phố tặng Cờ thi đua.